基本案情
2018年1月16日，甲公司与乙公司签订了《建设工程施工合同协议书》，约定甲公司以总承包方式承包XX园项目一期工程，承包范围包括包工、包料、包工期、包安全、包文明施工、包分工管理、包竣工验收等，合同暂定价为1.35亿元。合同约定无预付款，工程款按节点支付，工程工期为330天，以乙公司现场代表下达开工令之日为准。
2018年12月4日，案涉工程主体完工，甲公司向乙公司提出进度款审批申请。按合同约定，本节点总产值为7237万元，乙公司应按80%的比例支付工程进度款，即5789万元，扣除已支付的2550万元，本次实际应支付3239万元。
2018年12月19日，乙公司未按合同及补充协议约定支付进度款，甲公司停工，产生了带薪窝工、材料费、租赁费、管理费等损失。乙公司最终同意按5万元每天的标准赔付各项损失费用，甲公司随后复工。
2019年1月3日，乙公司支付了200万元。2019年1月7日，甲乙双方签订《协议》，确认乙公司欠甲公司进度款3039万元。
2019年2月15日，甲公司施工的生产车间（4层）、2#厂房（5层）、配套用房（5层）均完成主体封顶，并经公司、工程设计、工程监理单位确认。
2019年4月12日，甲乙双方签订《补充协议》，约定乙公司向甲公司赔偿（第一次）停工期间经济损失、未付款资金占用费等共计500万元，后期进度款2800万元，乙公司按每月支付700万元的方式向甲公司支付。
2019年8月17日，甲公司第二次停工，产生了停工损失、钢管租赁费、人工费等。
简而言之，甲公司与乙公司签订了《建设工程施工合同协议书》，甲公司承包案涉工程。施工过程中，甲公司经历了两次停工，最终退场，案涉工程未完工。甲公司主张按实际工程量支付工程款39201721.75元。乙公司主张已支付工程款71500000元，包括第一次停工损失赔偿款500万元及借款200万元，不包括工程信任金，实际支付工程款64500000元。双方就工程量问题多次沟通无效，甲公司遂提起诉讼。
法院观点
在诉讼过程中，甲公司和乙公司共同委托了一家鉴定机构对案涉工程进行造价鉴定。鉴定机构出具了《工程造价鉴定意见书》，核算出的工程总金额为82512905.04元。双方对这一鉴定结果均无异议，并一致同意在此金额基础上下浮2%来确定甲公司已完成的工程量价值。
法院据此计算，案涉工程的总价款金额为80862646.94元（计算方式为82512905.04元×98%）。在扣除乙公司已支付的工程款64500000元后，法院最终认定乙公司还需支付甲公司16362646.94元。
申元律师观点
如果因甲方原因导致施工中途退场，乙方无需等到整体竣工验收即可主张工程款，甚至还可以追加索赔。反之，若因乙方原因导致中途退场，乙方依然有权主张工程款，但相应的违约责任和保修责任需单独核算，甲方虽可进行索赔，却不能以此为由拒绝支付工程款。
本案的关键在于，退场前明确了责任承担方，确定了已完工程量，完成了已完工程量的验收，并且保留了现场证据、会议纪要、函件、签证等沟通文件。针对两次退场，双方均形成了书面协议并签字盖章，这些书面协议被视为双方真实意愿的体现且具有法律效力。前期对这些重要事项的准确固化，在后续诉讼中发挥了至关重要的作用。