基本案情：
2016年8月，A公司与B公司签订《某项目建设工程施工合同》，合同约定A公司将工程发包给B公司，由B公司作为总承包进行施工，合同开工日期为2016年10月20日，竣工日期为2017年10月20日，合同约定因承包人原因造成工程延期竣工的，每延误一天，承包人按合同金额日万分之一向A公司支付违约金，工程尾款在竣工验收后一次性付清（除质保金外）。案涉合同签订后，B公司即进场施工。2018年3月，涉案工程竣工。2019年2月，双方就案涉工程完成结算，但A公司未按照合同约定向B公司支付工程款，B公司遂向法院起诉要求A公司支付应付未付工程款，A公司提起反诉要求B公司按照案涉合同约定向其支付工期延误的违约金。
法院观点：
建设工程施工合同当事人在进行工程竣工结算时，应按合同约定对对方当事人是否完全履行合同进行充分审核并提出相应索赔。索赔事项及金额，理应在结算时一并核定处理。
结算协议生效后，承包人依据协议要求支付工程款，除结算协议另有约定，发包人以因承包人原因导致逾期竣工为由，要求拒付、减付工程款或赔偿损失的，不予支持。
申元律师总结：
建设工程施工合同当事人应在进行工程竣工结算时充分考虑合同的履行情况，并在此基础上达成最终的结算协议，结算协议一旦生效，发包方理应按照合同约定向承包人支付工程款，发包人以承包人原因导致工程存在质量问题或逾期竣工为由，拒绝给付或要求减付工程款或赔偿损失的，不予支持，但结算协议另有约定的除外。建设工程施工合同当事人竣工后达成的结算协议，本质上是就整个工程履行及完成情况订立的一个新合同，故除有特殊约定，该份结算协议签署时双方应当已将所有影响价款的因素一并进行考虑，双方应受到该份协议的约束，并按照协议履行，任意一方再行主张结算金额增减的，不应获得支持。